Isildur était un Dúnadan de Númenor qui naquit en l’an 3209 du Deuxième Âge. Faisant partie des Fidèles, il déroba une pousse de l’Arbre Blanc, qu’il emmena en 3319 sur l’un des neuf navires qui quittèrent l’île, avec son père Elendil et son frère Anárion, échappant ainsi à la Chute de Númenor.
Il fonda avec ce dernier le royaume méridional du Gondor ; les cités de Minas Ithil, Osgiliath et Minas Arnor.
Ils régnèrent conjointement comme rois ; Isildur vécut à Minas Ithil jusqu'à ce qu'elle soit prise par Sauron, en 3429. Pour contrer ce dernier, il alla en Arnor chercher de l'aide, laissant provisoirement son frère défendre le Gondor.

Il revint en 3434 avec une armée forte de milliers d’Elfes et d’Hommes : la Dernière Alliance des Elfes et des Hommes. Ils combattirent ensemble sur le Dagorlad, et participèrent au Siège de Barad-dûr. Anárion mourut d’une pierre lancée, alors qu’Isildur récupérait l’Anneau Unique en tranchant les doigts de Sauron.


En l'an 2 du Troisième Âge, Isildur décida de prendre la tête de l'Arnor et remit les rênes du Gondor à son neveu Meneldil, qu'il avait préparé à cette fonction. La même année, se rendant bien compte qu’il n’était pas en mesure de contrôler l’artefact, il décida, après avoir vécu pendant quelques mois au Gondor, d’aller chercher conseil à Imladris auprès d’Elrond.
Il prit la direction du Rhovanion, afin de passer ensuite par Cirith-Forn-en-Andrath, mais sur le chemin, au niveau des Champs d’Iris, deux mille Orques attaquèrent son escorte forte de deux cents guerriers. Il confia les tronçons de Narsil à Ohtar, qui les rapporta à Imladris.
Son fils Elendur le convainquit de fuir, ce qu’il fit, grâce à l’invisibilité procurée par l’Anneau. L’objet, encore sous la domination de son ancien maître, trahit Isildur en quittant son doigt. Le Dúnadan fut criblé de flèches, et ayant enlevé son armure, son corps fut probablement charrié par l’Anduin jusqu’à la mer.
D’aucuns disent durant la fin du Troisième Âge, que la Guerre de l'Anneau fut gagnée lors de la Bataille des Champs d’Iris.

Son fils Valandil, le plus jeune, étant resté à Imladris, lui succéda sur le trône d'Arnor, ses trois autres enfant étant morts aux Champs d'Iris. Les descendants d'Isildur étaient connus sous le nom d'Isildurioni.