Le Gondor fut fondé en l'an 3320 du Deuxième Âge par Elendil le Grand. Elendil régna sur l'Arnor, royaume du nord, tandis que ses fils, Isildur et Anárion, gouvernèrent conjointement au Gondor. Juste après la mort d'Elendil, en 3441, Isildur et ses héritiers devinrent les rois de l'Arnor tandis que les héritiers d'Anárion régnèrent sur le Gondor jusqu'en 2050 du Troisième Âge. Lorsque la lignée d’Anárion s'éteignit, ce furent les Intendants qui gouvernèrent pour plus de neuf siècles le Gondor.

Minas Ithil, Minas Anor et Osgiliath étaient les principales villes du Gondor, tandis que Pelargir en était le plus grand port. Durant le premier millénaire du Troisième Âge, le Gondor s'élargit grâce aux fiefs d'Anórien, d'Ithilien, du Lebennin, du Belfalas, d'Enedwaith, du Calenardhon, d'Anfalas, du Harondor, d'Umbar et une grande partie du Rhovanion.

Dès sa création, il représenta un rival pour le Seigneur des Anneaux, Sauron, et ses alliés. Par conséquent, le Gondor fut attaqué à plusieurs reprises par des armées de Haradrim, venues du Harad, et des armées d'Orientaux, venues de Rhûn et de Khand notamment. Le Gondor connut ses pires moments, durant la seconde moitié du premier millénaire du Troisième Âge, avec la Guerre Civile en 1432 et la Grande Peste en 1636, suivies par les sanglantes invasions des Gens des Chariots et des Balchoth en 1851 et en 1944. Il fut tellement affaibli par ces assauts qu'en l'an 2002, les Nazgûl de Sauron envahirent la ville de Minas Ithil qui fut renommée Minas Morgul, tandis que Minas Anor s'appela désormais Minas Tirith.

Malgré ses faiblesses, il représenta, lors de la Guerre de l'Anneau, le dernier espoir pour les Peuples Libres de la Terre du Milieu. Aragorn II, sous le nom d'Elessar, régna sur le Gondor et sur l'Arnor après la défaite du Mordor jusqu’en 120 du Quatrième Âge, son fils Eldarion lui succédant. Ils rendirent ainsi leur gloire passée aux royaumes des Dúnedain.